Trước thềm Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam lần thứ VIII, ông Nguyễn Hà Phan đang làm Trưởng ban Tổ chức Đại hội. Công việc này thường được giao cho ứng cử viên của một trong những vị trí chủ chốt, được Cố vấn Nguyễn Văn Linh ủng hộ lên làm thủ tướng thay thế Võ Văn Kiệt.[cần dẫn nguồn]

Theo cuốn Bên Thắng Cuộc của nhà báo Huy Đức thì trong thư của ông Đặng Văn Thượng, Đặc phái viên Chính phủ (nguyên Bí thư Tỉnh ủy Tây Ninh), gửi Thủ tướng Võ Văn Kiệt ngày 23-8-1995 có đoạn ông Cố vấn Nguyễn Văn Linh trực tiếp phổ biến với các cán bộ chủ chốt ở miền Tây: "Kỳ này, anh Sáu Phan, Ủy viên Bộ Chính trị, sẽ được cử lên thay anh Sáu Dân, vì anh Sáu Phan có lịch sử chính trị suôn sẻ, tận tụy vô tư, sẽ giúp cho nhân dân đồng bằng sông Cửu Long phát triển nhanh hơn".

Không lâu sau có hàng loạt đơn thư, tố cáo Nguyễn Hà Phan đã từng khai báo nghiêm trọng và khi ra tù đã nhận lời làm nội gián cho địch".[3] Ông Nguyễn Đình Hương, Phó ban Tổ chức Trung ương, Trưởng ban Bảo vệ chính trị Nội bộ Đảng được giao nhiệm vụ thẩm tra, kết quả là không có cơ sở kết luận Nguyễn Hà Phan được địch cài lại làm nội gián; tuy nhiên những gì ông Phan khai báo là rất nghiêm trọng, những người được ông xây dựng cơ sở trong lòng địch đều bị ông khai ra và sau đó bị địch giết sạch.[3] Ngày 17-4-1996, chỉ trong vòng một buổi sáng, Ban Chấp hành Trung ương khóa VII họp biểu quyết khai trừ Nguyễn Hà Phan ra khỏi Đảng, sau đó ông bị tước hết mọi chức vụ.

Tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khóa IX (10-1996) đã quyết nghị bãi nhiệm chức vụ Phó Chủ tịch Quốc hội và Đại biểu Quốc hội của ông.[4]